Esta iglesia de Santa Cruz Acatlán, le vino ese nombre porque fue edificada en el antiguo barrio llamado Xochi-atátlan (lugar de la Hor), sujeto a la parcialidad de Juan Tenochtitlán (hoy Centro Histórico), ya que los indios no podían entrar San Juan Tenochtitlán solo los españoles, por ello los frailes decidieron salir a los 20 barrios de los alrededores y levantar algunas ermitas para poder adoctrinar a los naturales en sus barrios y protegerlos de la crueldad de los soldados españoles.

Antes de construir la iglesia definitiva, por lo general erigían una capilla abierta, llamada entonces "capilla de indios", la cual a los principios no era sino una enramada bajo la cual se colocaban el altar y el púlpito o ambón, en las poblaciones secundarias también se preocupaban los hermanos por edificar iglesia y casa para el sacerdote de visita.

Santa Cruz Acatlán dependía de la Parroquia de San José de lo Naturales, que esta fue la primera iglesia que se construyó en la ciudad por los reverendos padres franciscanos, y que Fray Pedro de Gante fundo la escuela de San José de los Naturales.

 

Fundaciones del siglo XVII

Esta clase de fundaciones del siglo XVII generalmente fue de "segunda importancia". No significaron ellas un avance en extensión de la evangelización, sino más bien un progreso en profundidad e intensidad. Se trata en general de poblaciones que solo eran atendidas semanalmente y en las fiestas principales; pero en el siglo XVII recibieron ya por lo menos dos o tres misiones permanentes, entre tantas que hubo, Santa Cruz Acatlán fue la primera de todas ya como una iglesia y no como ermita.

Para el año de 1693 esta iglesia estuvo bajo el poder de la real corona española y también en los años de 1545 a 1554 y de 1565 a 1800. En el año de 1693 por medio de una suscripción hecha entre los vecinos, se compro un pedazo de tierra que estaba pegado a la iglesia de ermita, por ser necesario dicho sitio para fabricar sacristía y otras oficinas y alargar el cementerio.

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